MFCでは__argcと__argvを利用してコマンドライン引数を取得することができます。__はアンダーバー2つなので注意。
__argv[0]は実行ファイル名がパスつきで入ります。WinMain関数に限らず、プログラム中のどこでも使えるようです。
コマンドラインの引数を取得する他の方法としては、CWinApp::m_lpCmdLineがありますが、__argcと__argvを使ったほうが便利かと思われます。

int i;

for(i = 0; i < __argc; i++){
MessageBox( __argv[i], "Arguments", MB_OK);
}